Sim, precisa. O registro na Junta Comercial tem abrangência estadual, já a marca registrada no INPI tem abrangência nacional.

Em algumas situações o registro da marca no INPI pode cancelar o registro na Junta Comercial enquanto que o inverso não é possível. O registro na Junta Comercial, dependendo do caso, até pode ajudá-lo a não perder a marca, mas obrigatóriamente você precisará registrá-la no INPI.

Também é importante lembrar que uma empresa pode ter quantas marcas registradas quiser, porém só uma razão social, pois são coisas diferentes, com funções diferentes.